Berdasarkan Keputusan Presiden No. 59 tahun 2004 Pengadilan Tindak Pidana Korupsi dibentuk pada Pengadilan Negeri Jakarta Pusat.
Pembentukan Pengadilan hubungan industrial seharusnya dilakukan pada awal tahun 2005 namun ditunda berdasarkan Keputusan Presiden No. 1 tahun 2005 tentang penangguhan mulai berlakunya undang-undang No. 2 tahun 2004
Keputusan Presiden Nomor 96 Tahun 2001 jo Keputusan Presiden Nomor 53 tahun 2001 dibentuk Pengadilan HAM Adhoc pada Pengadilan Negeri Jakarta Pusat yang berwenang memeriksa dan memutus perkara pelanggaran hak asasi manusia yang berat yang terjadi di Timor Leste dalam wilayah hukum Liquica, Dili dan Soae pada bulan April 1999 dan bulan September 1999, dan juga peristiwa yang terjadi di Tanjung Priok pada bulan April 1984.
Keputusan Presiden No. 97 tahun 1999. Persidangan perkara di Pengadilan Niaga Jakarta Pusat meliputi perkara kepailitan, PKPU, dan gugatan dalam perkara perlindungan hak atas kekayaan intelektual yaitu hak cipta, merek, desain industri, desain tata letak sirkuit terpadu dan paten.
